Probleme sollte es eigentlich nur geben, wenn der Satz an unterstützten Kommandozeilen-Parametern sich ändert.
Deine Fehlermeldung allerdings weist auf ganz andere Probleme hin, die so für mich nur schwer erklärbar sind. Vielleicht dass du mal eben wild zwischen 32-bit- und 64-bit-Variante von x264 wechselst?