Aeh sorry, in welcher Reihenfolge gehst Du denn jetzt vor? 
Also wenn ich das mal zerlege wuerde das fuer mich so ablaufen: Stream capturen, schneiden, encoden. Bevor Du encodest ist Dir bekannt wie lang der Clip ist und wieviel Platz Du hast, naemlich 350 MB.
Wenn Du jetzt vor dem Encoding 54 Minuten zugrundelegst, so kannst Du nicht auf das richtige Ergebnis kommen. Ich denke Du musst erst auf 41 Minuten schneiden, dann auf dieser Grundlage encoden, sonst kommst Du nie auf ein vorhersagbares Ergebnis.
Man kann sich natuerlich fuer den kompilzierten Weg eine Formel aufstellen, aber wie gesagt, ich halte das fuer unnoetig kompliziert.
@ Schlunz:
Ich schätze mal, Fred versucht, gleich in XviD zu capturen. Wie einige Experten auf diesem Gebiet (z.B. auch BaronVlad) immer wieder betont haben, ist diese Vorgehensweise grundsätzlich nicht zu empfehlen - statt dessen lieber erst so verlustarm wie möglich aufnehmen (also HuffYUV oder MJPEG mit sehr hoher Qualität; zur Not vielleicht noch XviD mit maximaler Qualität oder besser festem minimalem Quantisierungsfaktor, und sehr kurzem I-Frame-Maximalabstand). Dann erhält man zwar zunächst eine sehr große Datei, dafür kann man aber auch im Fall von HuffYUV und MJPEG an jedem einzelnen Frame schneiden, und nach dem Schneiden dann ganz in Ruhe das Video auf gewünschte Größe eindampfen.
So hatte ich das auch verstanden, DVB Stream aufgenommen und dann konvertiert. Also ich persoenlich meide PVACut mittlerweile auch und mache das eigentlich so wie Du, den Stream erstmal durch PVAstrumento und ein Programstream erstellen lassen. Ich schneide dann diesen Stream mit M2-Edit und erstelle dort mit "generate" einen neuen Programstream. Den konvertiere ich persoenlich meist nach SVCD, bzw. kleineres DVD-Format oder Aehnliches.
Mein Stream hat also vor dem Konvertieren, aber nach dem Schneiden der Werbung usw, eine Laenge X. Die setze ich in meinem Fall als Berechnungsgrundlage ein und habe eigentlich kein Problem mit der finalen Streamgroesse. Schneidest Du mit NanDub VOR oder NACH der Konvertierung nach XviD? Ich denke das waere interessant... anders kann ich mir jetzt das Problem nicht erklaeren. Oder erzeugt der XviD-Codec bei der Kompression permanente unverhersehbare Unregelmaessigkeiten, ich kenne den Codec kaum und arbeite auch nicht damit. Vielleicht weiss da jemand was der mit XviD rumfuhrwerkt? 
Ich vermute mal, XviD verbrät an die detail- und actionreiche Werbung sehr viel Bitrate (v.a. im Vergleich zum Film); deshalb ist deine einfache Verhältnis- doch eher eine Milchmädchen-Rechnung, und wegen der ungleichmäßigen Verteilung der Bitrate unbrauchbar.
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