Guck mal was passiert wenn Du:
in einer Konsole aufrufst.
Kommt da ne Fehlermeldung oder so?
Wird da ne Datei erstellt?
Vermute das MP4Box irgendwas an dem .srt File nicht mag. Bin leider was Untertitel angeht auch nicht sooo bewandert, sonst würde ich vermutlich selber ein kleines Tool dafür schreiben anstatt mp4box dafür zu verwenden.