Eventuell kommt der TV mit dem MKV Container besser zurecht. Oder mal nach einem Firmware Update für den TV suchen eventuell wurde das Problem schon behoben.
Der Samsung meiner Eltern hat soweit ich mich erinnere zumindest beim abspielen von Videos damit keine Probleme. Obwohl das automatische umschalten zwischen 16:9 4:3 und 4:3 Letterbox beim normalen TV schauen alles andere als gut gelungen ist.