Nonlinear Editor für H.264 in MP4, der Direct Stream Copy beherrscht?

Jein.

Für solche Aktionen kann H.264 eventuell zu komplex aufgebaut sein, so dass du dann das Video nur noch an IDR-Frames schneiden könntest, die dann eventuell viele Sekunden weit auseinander liegen. Blu-ray-Videostreams wären, damit man sie noch gut spulen und beliebig hineinspringen kann, auf GOPs von maximal 1 oder 2 Sekunden (je nach Nebenbedingungen) begrenzt; aber bei "hochoptimierten" Encodes kann es auch mal an die 10 Sekunden lange Abschnitte geben (theoretisch gar noch länger). Gute Kompression erreicht man eben nur dadurch, dass in fast jedem Frame nur noch Unterschiede zu anderen Referenz-Frames gespeichert sind, und bei H.264 dürfen die weit auseinander liegen, sogar mehrere Referenzen pro Frame sein. Schneidet man da mittendrin, wird es später Bildfehler geben, weil die Referenzen weggeschnitten wurden.

Mit dem Konzept des "Smart Rendering" will man zwar nur die angeschnittenen GOPs neu codieren und den Rest unverändert lassen. Das ist aber bei H.264 deutlich schwieriger als bei MPEG-2, weil es viel mehr Bedingungen zu beachten gibt, damit das Ergebnis z.B. auch von Consumer-Playern noch decodierbar bleibt, denn die haben so ihre Leistungsgrenzen.

Avidemux wäre unter den kostenlosen Programmen das einzige bisher, das vielleicht deinem Wunsch nahe kommt. Sehr zuverlässig ist es darin aber leider noch nicht.

TMPGEnc MPEG Smart Renderer 4 von Pegasys kann das auch, kostet aber...