Warum sind Einzelbilder im Ordner komplexer zu laden, als wenn sie im Container sind?

Einfach - Das Betriebssystem benötigt einige Zeit um Dateien zu öffnen/schliessen, bei 52000 kann das schon dauern. Sowas nennt sich File System Overhead.

Das Betriebssystem muss zunächst im Dateisystem der Partition die Informationen darüber sammeln, in welchen Clustern der Inhalt welcher Datei enthalten ist. Um diese Daten zwischenzuspeichern, müssen für jede Datei einzeln Puffer reserviert und Betriebssystemfunktionen aufgerufen werden (die eventuell auch noch Nebenwirkungen haben, wie z.B. Vorschaubilder generieren und diese in einer Thumbnail-Datei abspeichern). Dafür muss oft für jede Datei im Verzeichnis ein Puffer für eventuell folgende Dateizugriffe und weitere Abfragen von Dateiattributen reserviert werden.

Medienkontainer dagegen enthalten bereits Listen, die beim schnellen Zugriff auf Schlüsselbilder helfen, und decodieren immer nur so wenige Bilder wie gerade nötig ist, um die Abhängigkeiten zwischen deren Inhalten aufzulösen. Hier laden die jeweiligen Funktionen für den Zugriff auf Frame-Inhalte auch nur die nötigsten Bildinhalte, nichts "überflüssiges".