Also ich habe alles mit Avisynth gemacht, d.h. Quelle -> Avisynth -> (Video: x264 crf / Audio1: wavi -> sox -> neroAacEnc / Audio2: wavi -> neroAacEnc) -> MP4Box. Zusätzlich habe ich Virtualdub verwendet, um die Frames für die Schnittpunkte zu ermitteln und diese mittels Trim() Befehl direkt im Avisynth-Script verwendet (keine Zwischenspeicherung).
Hast du dir die Schnittpunkte von VirtualDub generieren lassen (direkt als Trim() Befehle)? Bei mir wären es nämlich sicher an die 30-40 Cuts, was ich nur ungern semi-manuell machen würde (also Frames aufschreiben und Trim() Befehl selbst schreiben)