Danke für deine Antwort. Ich hab jetzt folgenden Weg gefunden (alles unter XP):
1. Es liegt die mkv mit der DTS-Spur vor.
2. Die DTS-Spur hab ich mit AVIMux-GUI demuxt -> ton.dts.
3. Diese Tonspur mit WinFF konvertiert: MPEG-4 und MP4 Fullscreen eingestellt.
4. Dann das mkv aus 1. und die ton.dts in mkvmerge geladen. Die DTS-Tonspur entfernt (also nur Haken davor entfernen). Dann muxt er ein astreines mkv mit einer Tonspur, die VLC als mp4a ausweist. Es ist nur Stereo bisher. Synchron und ohne Aussetzer Job done
Die original DTS-Spur ist ca. 1 GB groß, die konvertierte Spur nur 50 MB. Das wollte ich haben!
Da könnte ich jetzt noch jede Menge mehr zu sagen, nur soviel: DTS lässt sich nur schwer weiterverarbeiten. Finger weg von diesem Format.