Croppen ändert ja nichts am Seitenverhältnis, d.h. wenn du die vertikale Auflösung z.B. um einen Faktor x verkleinerst, musst du die horizontale Auflösung um den gleichen Faktor verkleinern, also z.B.
du hast 696x363 und willst nun eine horizontale Auflösung von 512 (entspricht einer Stauchung mit Faktor 1,359375), dann wäre die korrekte Höhe ~267. Damit die Höhe nun mod8 oder besser mod16 wird, kannst du nun entweder einen schwarzen balken "drankleben" oder du nimmst eine kleine (praktisch nicht sichtbare) verzehrung in kauf und wählst 264 oder 272 als Höhe.
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Alternativ kannst du die vertikale Auflösung beibehalten und das Video dann horizontal gestaucht abspeichern. Dann musst du nur noch beim komprimieren bei Xvid das richtige Seitenverhältnis angeben und der Player (sofern er es unterstützt) skaliert das Video automatisch auf die passende Breite.
Diese Methode dürfte die beste Qualität liefern, ist aber nicht unbedingt kompatibel zu manchen Playern und SAs.