MeGUI scheint nebenbei keinen vernünftigen Header zustande zu bringen...
MeGUI benutzt MP4Box und sollte normaler weise korrekte MP4 Dateien erstellen. Vielleicht werden Feature in der MP4 Datei benutzt die QuickTime nicht unterstützt?
In QuickTime 6 bekam man bei bestimmten MP4 Dateien noch die Meldung das das dieses Feature nicht von QuickTime unterstützt wird.
Seit QuickTime 7 haben sie die Ausgabe so abgeändert das behauptet wird das die MP4 Datei fehlerhaft ist.
Welche Ausgabe ist besser für QucikTime
EDIT: Hab im Forum was mit FFMPEG gefunden (ffmpeg -i "Pfad zur Eingabe" -vcodec copy -acodec copy "Pfad zum output.mov"). Mov geht jetzt, aber der Ton (AAC) ist jetzt weg. FourCC ist übrigens avc1.
Das könnte daran liegen das die Audio Sample Entry Box/Atom in MOV und MP4 unterschiedlich aufgebaut ist. Du könntest versuchen ob du das mit -atag hinbekommst. Bin mir aber nicht sicher wie weit da der Support von FFmpeg Seite ist.