Man kopiert nicht einfach so VOB-Dateien, denn ihr Inhalt kann nur in Kombination mit den Informationen der IFO-Dateien korrekt erkannt und verarbeitet werden. In den VOB-Dateien kann mehr als nur der Hauptfilm enthalten sein, und der Hauptfilm dürfte sogar in einer Reihenfolge enthalten sein, die nicht mit der Abspielreihenfolge übereinstimmt.
Ich kann dir nur empfehlen, mit einem geeigneten DVD-Ripper (bei nicht kopiergeschützten DVDs, die vollständig auf der Festplatte sind, geht das mit PGCDemux) eine "PGC-VOB" zu erzeugen, das ist eine zusammenhängende Datei (dann oft größer als das auf Scheibe erlaubte Maximum von 1 GB pro Stück), welche nur den Videostream der Hauptfilm-PGC und die eine ausgesuchte Untertitelspur enthält, die deine gewünschte Untertitelvariante zeigt. Aus dieser speziellen Kopie können dann Programme, die Untertitel verarbeiten, gar nichts falsches mehr auswählen.