Ja ich hab das jetzt auch so gelöst dass ich alle 6 Kanäle der AC3 Datei in getrennte Mono Waves gespeichert und anschließend eine Mux datei erzeugt habe mit folgender Belegung:
Alt -> Neu
FL -> FR
C -> FL
FR -> C
SR -> SL
SL -> LFE
LFE -> SR
Jetzt sind alle an der richtigen stelle wenn ich die neue AC3 Datei nach AAC encodiere.