Ich glaube es hat sich jetzt erledigt...zumindest kann ich den Fehler nicht mehr reproduzieren.
Gut möglich dass ich aus meinen diversen Testfiles ein mit ffmpeg codiertes Video erwischt habe und dass deshalb der Ton asynchron ist.
Was die letzten Male auf jeden Fall funktioniert hat:
* encoden mit mencoder in AVI mit MJPEG-Codec
* herausschneiden mit mencoder, Video- und Audio-Codec kopieren
* den herausgeschnittenen Teil mit ffmpeg in MP4 mit libx264 kodieren
=> Ton ist synchron
Vielen Dank nochmal für die super Hilfe!!