Vielen Dank dafür.
Ich habe noch etwas rumprobiert und festgestellt, dass Avidemux in der Konsole weiterläuft, wenn ich die Fehlermeldung, die in einem Fenster auf der Windowsoberfläche erscheint, bestätige. Das Video, das dann transcodiert wird, scheint OK zu sein.
Direkt nachdem ich die Fehlermeldung unter Windows bestätigt habe, erscheint in der Konsole die Fehlermeldung:
Symbol loading failed for F:\Programme\Avidemux\plugins\audioEncoders\libADM_ae_twolame.dll:CannotLoad
Davor und danach scheinen weitere Plugins geladen zu werden. Vielleicht wird die fehlende DLL benötigt, um das TwoLame-Plugin zu laden. Dass ich die Fehlermeldung bestätigen muss, ist natürlich etwas lästig, aber wenn das die einzige Einschränkung ist, kann ich damit leben, da ich TwoLame nicht benötige.
Die CLI-Version von Avidemux scheint ohnehin bei jedem Start alle Codecs und Encoder zu laden, die es hat. Wenn man das einschränken könnte, könnte ich den Fehler hier umschiffen und avidemux würde schneller laden 
Die DLL der 2.6.11 werde ich testen. In der 2.6.3 war die neuste, die ich in Vorgängerversionen finden konnte. Damit gab es aber eine Fehlermeldung, das irgendwas nicht gefunden wurde.
EDIT:
Wenn ich die "libgcc_s_sjlj-1.dll" aus der 2.6.11 nehme kommt die Fehlermeldung, dass die Datei "libwinpthread-1.dll" fehlt.
Wenn ich die auch aus der 2.6.11 nehme, kommt eine Fehlermeldung, dass ein Prozedureinsprungpunkt nicht gefunden wird. Die DLLs sind vermutlich nicht kompatibel mit avidemux 2.6.8.