Danke für eure Antworten!
sx264 funktioniert zwar einwandfrei, allerdings werden alle Audiospuren bis auf eine gekillt und auch die restlichen Containerdaten (Subtitles, Chapter..) nicht übernommen.
Ich werde den Autor mal anschreiben ob er eine Bypass-Möglichkeit bietet.
Ich suche im wesentlichen wirklich nur eine Lösung um von einem bestehenden Container Audiospuren und Videospuren recodieren zu können.
Es müßte also tatsächlich nur die Videospur demuxt werden, recodiert werden, die alte im Container gelöscht werden und die neue eingefügt.
Da gleiche wäre für Audiospuren schön, muss aber nicht unbedingt.
Hintergrund ist wie gesagt, dass ich ein Tool habe was mir Titles 1:1 von einer DVD komplett als MKV rausrippt mit allen Spuren, ich aber dann einfach nur die MPEG-2 Videospur in h264 wandeln möchte um Platz zu sparen.
Jetzt selbst hingehen und bei jeder DVD die Spur per Hand demuxen, encoden und wieder muxen ist mir zu zeitaufwändig.