Wenn ich "ja" klicke, ruckelt das Ergebnis nicht mehr. Aber dafür wurde die Subtitlespur rausgeworfen. Das nützt mir nix.
Es nützt dir schon was, weil Avidemux (oder vielleicht auch tsmuxer) die Timecodes beim Kopieren korrigiert.
ffmpeg kann die korrigierte Fassung problemlos kopieren.
Danach kannst du es mit ffmpeg nochmal mit den Untertiteln zusammen muxen.
z.B.
avidemux.ts ist Video+Audio von Avidemux von test3kurz.mkv kopiert und korrigiert
test3kurz.mkv ist deine Originaldatei
beide in ffmpeg einlesen, und per map Parameter auswählen, welche Streams aus den einzelnen Dateien kopiert werden sollen.
-map 0:v -map 0:a bedeutet alle Video und Audio Streams aus Datei 0 kopieren.
-map 1:s? -map 1:d? bedeutet alle Subtitle und Data Streams aus Datei 1 kopieren.
(das ? am Ende von 1:s?, bedeutet, brich nicht mit einem Fehler ab, wenn du mal keinen geeigeten Stream findest)
ffmpeg -i avidemux.ts -i test3kurz.mkv -c:v copy -c:a copy -c:s copy -c:d copy -map 0:v -map 0:a -map 1:s? -map 1:d? output-file2.ts
Umständlich, geht bei mir aber mit deinen Testdateien.