Hallo Max,
wie der fan 
schon geschrieben hat, ist Deine Version völlig veraltet. Zwischen Deiner und der aktuellen 3.1.7 lagen zahllose Versionen dazwischen, Du solltest Dir mal die History durchlesen, die ist ellenlang. Leider ist gerade die Homepage down, Du bekommst die aktuelle Version aber auch hier.
Bei den Einstellungen würde ich
Zitat von maxcomaroHide audio/subpicture streams less than 1MB
auf jeden Fall deaktivieren (heißt bei der aktuellen Version Hide audio/subpicture streams of insignificant size). Es kommt öfters vor, dass Szeneuntertitel nicht als forced eingebettet in einer anderen Spur liegen sondern separat als eigene Spur. Die kann bei geringer Anzahl der UT auch sehr klein sein.
Edit: Es empfiehlt sich auch in den Preferences unter Stream Selections bei Subpicture language "German" zu wählen, da musst Du später nur noch die Untertitel für Hörgeschädigte die meistens mit drauf sind abwählen. Die stehen in der Regel unter den normalen und sind meistens auch ein bisschen größer. Alle anderen lässt Du an.
Und wenn der Film ein Biest ist, würde ich in jedem Fall empfehlen ihn im Reauthor-Modus zu transcoden.
Kann natürlich auch sein, dass schon beim Rippen was schief gelaufen ist, da wirst Du dann ohne Original alt aussehen.
Cu Rippraff