also ich frag numal nach zur Sicherheit.
Du hast eine Datei die besitzt schon 3 verschiedene Audiospuren und du willst das Videofile mit Stax weiter bearbeiten, aber also Ausgabe nur das Video haben mit der gewünschten Audiospur?
probiers mal so, dass du die Audiospuren vorher demuxt (z.b mit Virtualdubmod), dann das Videofile ohne Tonspur in Stax reinlädst u dann explizit angibst, welche Audiospur Stax halt wieder dazumuxen soll.
Ich weiss jetzt nämlich ned auswendig, ob Stax Rip das beherrscht, dass du ihm sagen kannst, dass du nur 1 Tonspur behalten möchtest, sofern ich dein Anliegen verstanden habe. 
Wenn nicht formulier bitte dein Problem ein bisschen genauer u gib uns mehr Informationen. z.b wie schaut deine Quelldatei genau aus usw.. 
Solange der engl. Track im Container (ich nehm mal an, dass es sich um Matroska handelt) als Standard ausgewählt ist, kommst du nicht drum rum, den Audiotrack mit mkvextract extra vorher zu demuxen und separat auszuwählen.
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