Irgendwie verstehe ich dich nicht...
Was willst du mit Kapiteln in einer H.264-Datei? Der HC-Encoder erzeugt doch überhaupt kein H.264. Der HC-Encoder erzeugt MPEG2-Video, das z.B. für eine DVD geeignet sein kann.
Kapitelmarken sind weder Bestandteil von H.264-Video-Dateien noch von MPEG2-Video-Dateien. Video ist Video, ganz alleine.
Kapitel für eine Video-DVD sind Aufgabe des Authoring-Tools. Das ist das Programm, was aus MPEG2-Video und z.B. AC3-Audio und was noch sonst ... am Ende VOB- und IFO- und BUP-Dateien erzeugt.
Seit wann ist ReJig ein Authoring-Tool?
Wenn eine DVD nur mit Hauptfilm (ohne Menüs und Extras) allein dein Ziel ist, dann würde ich IfoEdit als Authoring-Tool empfehlen. Damit kann man Kapitel festlegen. Und jedes umfassendere und komfortablere Authoring-Tool (sei es auf DVDAuthor basiert, oder kommerziell wie z.B. DVDlab) kann das erst recht.