Ist jetzt natürlich einigermaßen schwierig sowas "remote" zu diagnostizieren. Am IDX liegt es allerdings vermutlich ohnehin nicht. Die Anzeigedauer für jeden einzelnen Untertitel ist im SUB gespeichert. Kann man sich ja ansehen, wenn man das SUB/IDX wieder in BDSUP2SUB (oder in ein anderes Tool) importiert.
Sachen wie "fadein/out" sind halt Bestandteil des IDX-Formats, werden aber von BDSup2Sub nicht alle unterstützt. Das ist aber in der Online-Hilfe alles beschrieben.
Zunächst mal wäre natürlich sinnvoll herauszufinden, ob das Problem mit allen Vobsubs auftritt oder nur mit denen, die BDSup2Sub exportiert hat oder aber nur mit einigen wenigen Spezialfällen. All das kann ich aus der Fehlerbeschreibung nicht rauslesen.
Wenn es mit allen von BDSup2Sub erzeugten Untertiteln auftritt, würde ich vorschlagen, testweise mit anderen Tools zu konvertieren bzw. ein VobSub mit z.B. SubtitleCreator einzulesen und wieder abzuspeichern. Wenn es dann immer noch auftritt, liegt es wohl am Muxer oder Player. Da kann ich dann herzlich wenig machen.
Wenn es nur mit einzelnen konvertierten Untertiteln auftritt, könnte das z.B. ein speziellen Einblend-/Ausblendmustern im ursprünglichen SUP (?) liegen. Dann bräuchte ich - wie ebenfalls in der Anleitung beschrieben - das SUP zur Untersuchung.