ok, hier mal das Skript. Die Dateien zu MKVToolnix und die mkv sowie das Skript müssen im gleichen Ordner liegen. Getestet mit ActivePerl und mkvtoolnix 3.1 und 3.2.
Nebenbei: Will man mit mkvmerge (oder mkvpropedit/mkvinfo) vorher mit makemkv erstelle mkv ändern, kann es zu Problemen kommen (Abstürze, Links werden ignoriert, ...). Einfach die betreffende Datei neu muxen, dann passt das wieder. Keine Ahnung was makemkv dafalsch macht.