Ich glaube, FluxSmooth oder die Mplayer-3D-Varianten wären sicherlich einen Versuch Wert. Ich hoffe, man kann für diese auch in Avidemux getrennt einstellen, wie viel spatiale und temporale Filterung (Stärke / Schwellwert) angewendet wird. Wie viel "zu viel" ist, muss man aber nach eigenem Geschmack herausfinden.
AviSynth-basierte Konverter sind hier deutlich umfassender und flexibler durch die vielen Plugins. Gerade ein Deblock-Filter wäre für mich ein sinnvoller erster Schritt gegen die DCT-Artefakte der leider etwas groben (Bitrate-knappen) MJPEG-Komprimierung. Das allerdings nur theoretisch. Die praktische Erfahrung haben andere...