davon ausgegangen, dass in deinem mkv keine Formate sind die nicht erst umgewandelt werden müssen um in einen mp4 container zu kommen, sollte es reichen:
1. gdsmux starten
2. mkv in gdsmux öffnen
3. als Ausgabedatei eine Datei mit .mp4 Endung zu wählen
4. das File zu speichern
Muss eines der Formate im mkv container erst konvertiert werden, wüsste ich keine One-Klick-Lösung die den von Dir angemerkten Qualitätsansprüchen entspricht.
Cu Selur