Wusste doch das ging irgendwie:
ZitatBy default ordered chapters refer to the same Matroska file, but if you specify SegmentUID for a chapter, then the content is pulled from external file. External files must reside in the same folder as the original file and must have the same number of tracks and the same codecs.
Quelle: http://forum.doom9.org/showthread.php?t=99489
(September 2005 -> kein Wunder, dass ich nicht mehr wusste wie das ging ;))
Das heißt man müsste quasi ein Dummy File erstellen können (noch nicht ganz klar wie genau würde da gerne einen kompletten Dummy haben), in diesem File Ordered Chapters verwenden, welche auf die SUIDs von externen Files verweisen.
Wenn das erstellen des Dummy Files klar ist, kann man auch einfach ein kleine Tool schreiben, was:
1. SUIDs der ausgewählten files ausliest
2. ein Dummy File erstellt, mit Ordered Chapters und den entsprechenden SUIDs.
Cu Selur
Ps.: Falls jemand genaueres herausfindet bitte posten.