Für mich ist die Sache mit Womble entgültig vom Tisch.
Ich neige dennoch a.G meiner Erfahrung mit dem MVW dazu, die Ursache im verwendeten MPEG Stream zu vermuten. Insofern kann ich darkframes Hinweis nur bekräftigen: versuche in TS aufzuzeichnen, auch wegen der Möglichkeit, die zunehmend mitgesendeten AC3 Streams zu nutzen.
Du solltest deinen Arbeitsprozess nach Möglichkeit so gestalten, dass Du mit möglichst wenigen Zwischenschritten Elementarstreams erhältst. Die von Dir favorisierte VOB Lösung ist m.E. nur frickelei.
Gruß, Jürgen