Die einfachste Möglichkeit ist wohl, die fertige Datei mit mkvtoolnix zu schneiden. Dabei werden natürlich auch die Softsubs mitgeschnitten. Geht aber natürlich nicht framegenau.
Du musst dir wohl ein Programm wie Aegisub runterladen. Du schreibst dir alle Schnitte auf und korrigierst das immer Schritt für Schritt mit Aegisub.