Du versuchst also, die Kapitel manuell aus den VOB-Segmenten herauszuschneiden?
Dann hast du also mal wieder die wichtigste Regel nicht beachtet: VOB-Dateien sollte man nie ohne dazugehörige IFO-Dateien verarbeiten. Mit den Zusatzinformationen, die in den IFO-Dateien enthalten sind, lassen sich die Kapitel schon von vorn herein von DVD durch den Ripper (oder anschließend von Festplatte durch PGCDemux, wenn man schon alle Dateien gerippt hatte) in einzelne Unterverzeichnisse extrahieren und dabei auch gleich demultiplexen – üblicherweise in M2V (oder Nur-Video-VOBs) und AC3.